2001 г., Том 6, № 5, с.3-23

В данной работе задача прогнозирования вторичной структуры макромолекул ДНК решается с помощью "энергетических расчетов". Излагаются алгоритм динамического программирования для вычисления свободных энергий стабильных вторичных структур и отслеживающий алгоритм для прогнозирования этих структур. Свободные энергии стабильных вторичных структур рассчитываются с использованием нового подхода, получившего название "[Java Applet]-многоконтурный подход" ([Java Applet]-MA), [Java Applet]. Вычисление выполняется за время, пропорциональное [Java Applet], и требует объема памяти, пропорционального [Java Applet]. Прогонозирование стабильных вторичных структур выполняется за время, пропорциональное [Java Applet]. В сравнении с другими подходами алгоритм ([Java Applet]-MA) позволяет улучшить оценку минимальных энергетических вкладов множества контуров, что уточняет оценку свободных энергий стабильных вторичных структур.

*90C30 Nonlinear programming

90C39 Dynamic programming

92C40 Биохимия, молекулярная биология