2005 г., Том 10, № 3, с.3-22

Предложена "гидродинамическая" модель движения полимерных цепей, учитывающая упругие силы натяжения цепи, призванная заменить диффузионную теорию рептаций при описании динамики длинных полимерных цепей в процессе импульсного гель-электрофореза фрагментов ДНК. Для свободно сочлененной цепи на основе статистического подхода получено термодинамическое уравнение состояния отрезка цепи в поре геля, связывающее упругую силу и плотность длины цепи в поре. Равновесие электрических сил, градиента упругих сил и сил трения для отрезка цепи в поре геля описывается нелинейным уравнением диффузионного типа. На кластере из 11 компьютеров проведены обширные численные расчеты, подвердившие способность предложенной модели "одномерной гидродинамики" описывать сложное трехмерное поведение длинных цепей ДНК в процессе импульсного гель-электрофореза. Выявлена важная роль ветвлений цепи в динамике ее движения.