Колпаков Федор Анатольевич
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Должность:
заведующий лабораторией
Почта:
fkolpakov@gmail.com
Телефон:
+7 (383) 330-30-70
Телефон:
+7 (383) 363-68-29
Идентификация во внешних системах
| РИНЦ: | 82338 (Профиль) |
| SCOPUS: | 7003530190 |
| ORCID: | 0000-0002-0396-0256 |
| Web of Science ResearcherID: | B-9985-2017 |
Публикации (149)
| Источник: | Год: | Есть в: | Тип: | Порция: |
| № | Индекс | Год | Библиографическая ссылка ( всего 149, показано с 1 ) |
|---|---|---|---|
| 1 | 67064 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Автореф. дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 46 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20avtoreferat.pdf |
| 2 | 67065 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 395 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20disser.pdf |
| 3 | 66927 | 2023 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Delay-differential SEIR modeling for improved modelling of infection dynamics // Scientific Reports. - 2023. - Vol.13. - Art.13439. - ISSN 2045-2322. |
| 4 | 66926 | 2023 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Relationship Between Transcription Factor Binding Regions and Open Chromatin Regions in Human Based on GTRD Data // Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23 (August 3 - 6, 2023). - 2023. - Moscow: IITP RAS. - P.1-4. - ISBN: 978-5-901158-33-3. |
| 5 | 66928 | 2023 | Vertyshev A.Y., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Numerous Trigger-like Interactions of Kinases/Protein Phosphatases in Human Skeletal Muscles Can Underlie Transient Processes in Activation of Signaling Pathways during Exercise // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol.24. - Iss. 13. - Art.11223. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 6 | 66813 | 2023 | Бородулина А.Д., Кутумова Е.О., Лифшиц Г.И., Колпаков Ф.А. Математическое моделирование антигипертензивной терапии азилсартана медоксомилом на примере клинических данных реального пациента // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 1. - С.228-250. - EISSN 1994-6538. |
| 7 | 67071 | 2023 | Кондрахин П.Ю., Колпаков Ф.А. Многоуровневая математическая модель эпилептических припадков // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 2. - С.479-516. - EISSN 1994-6538. |
| 8 | 66545 | 2022 | Afonyushkin V., Akberdin I.R., Kozlova Y., Schukin I., Mironova T., Bobikova A., Cherepushkina V., Donchenko N., Poletaeva Y., Kolpakov F.A. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 11. - Art.1925. - EISSN 2227-7390. |
| 9 | 66683 | 2022 | Akberdin I.R., Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Pintus S.S., Yevshin I.S., Sheng G., Deviatiiarov R.M., Stupina A.A., Gusev O.A., Kolpakov F.A. Reconstruction of a genome-scale metabolic model for chicken whole embryo considering transcriptomics data // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.573. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 10 | 66547 | 2022 | Boytsov A., Abramov S., Aiusheeva A., Kasianova A., Baulin E., Kuznetsov I., Aulchenko Y., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Kolpakov F., Vorontsov I.E., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W51-W56. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 11 | 66685 | 2022 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. A delay differential equation approach to model the COVID-19 pandemic // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.903. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 12 | 66564 | 2022 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 13 | 66544 | 2022 | Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 14 | 66681 | 2022 | Kolpakov F.A., Kiselev I.N., Kutumova E.O., Akberdin I.R., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Zhatchenko S.A. Sirius platform as environment for evolutionary development of mathematical models of complex biological systems // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.214. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 15 | 66623 | 2022 | Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Egorova V.S., Syrocheva A.O., Parodi A., Zamyatnin A.A., Kolpakov F.A. Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling of Nanoparticle Biodistribution: A Review of Existing Models, Simulation Software, and Data Analysis Tools // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - Vol.23. - Iss. 20. - Art.12560. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 16 | 66516 | 2022 | Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Kolpakov F.A. Modular Representation of Physiologically Based Pharmacokinetic Models: Nanoparticle Delivery to Solid Tumors in Mice as an Example // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 7. - Art.1176. - EISSN 2227-7390. |
| 17 | 66548 | 2022 | Makhnovskii P.A., Gusev O.A., Bokov R.O., Gazizova G.R., Vepkhvadze T., Lysenko E.A., Vinogradova O.L., Kolpakov F.A., Popov D.V. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Human Genomics. - 2022. - Vol.16. - Iss. 1. - Art.24. - ISSN 1473-9542. - EISSN 1479-7364. |
| 18 | 66565 | 2022 | Makhnovskii P.A., Gusev O., Bokov R., Gazizova G., Vepkhvadze T., Lysenko E., Vinogradova O., Kolpakov F.A., Popov D. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.84. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 19 | 66684 | 2022 | Miroshnichenko M.I., Akberdin I.R., Afonyushkin V.N., Kolpakov F.A. Mathematical modeling of SARS-CoV-2 infection process and virus spreading in the human body considering B and T cell-mediated immune responses // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.883. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 20 | 66566 | 2022 | Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Heterogeneity of transcription factor binding sites within ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.94. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
Проекты (19)
020 - Фундаментальные научные исследования (базовые темы)
- 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2022-01-01 - 2024-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2020-01-01 - 2021-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - АААА-А17-117120670141-7 (2017-01-01 - 2020-12-31)
Базовая тема № 2 «Теоретические основы, алгоритмическое обеспечение и информационные технологии для решения фундаментальных и прикладных задач исследования сложных техногенных, природных и биологических систем» 020.010 - Проекты в рамках базовой темы ФНИ
- 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2022-01-01 - 2024-12-31)
030 - Федеральные целевые программы
030.060 - Федеральная научно-техническая программа развития генетических технологий на 2019-2027 годы
040 - Российский научный фонд
040.010 - Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
Интеграция и анализ омиксных данных по регуляции транскрипции, оценка влияния SNV - 19-72-20114 (2019-01-01 - 2021-12-31)
Разработка системы моделирования, обработки и хранения данных установки класса мегасайенс «Супер С-тау фабрика»
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
050 - Программы Президиума РАН
- ФНМ-33 (2012-01-01 - 2013-12-31)
Создание на основе современных веб-технологий программного комплекса для проведения мультицентровых клинико-эпидемиологических исследований мультифакториальных заболеваний 050.070 - Программа № 14 «Проблемы создания информационно-вычислительной среды на основе GRID-технологий, облачных вычислений и современных телекоммуникационных систем» (2012-2014)
- ПРАН-2012-14.4 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Распределенная информационно-вычислительная среда СО РАН
- ПРАН-2012-14.4 (2012-01-01 - 2014-12-31)
- ФНМ-33 (2012-01-01 - 2013-12-31)
070 - Программы и проекты СО РАН
070.010 - Интеграционные проекты СО РАН
070.010.010 - Междисциплинарные интеграционные проекты
- 55 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Создание панели изогенных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека, несущих мутации, связанные с развитием различных форм амиотрофического бокового склероза - 58 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Коррекция мутантного фенотипа с использованием плюрипотентных клеток на модели крыс Браттлборо с наследственным несахарным диабетом - 91 (2009-01-01 - 2011-12-31)
Построение модели функционирования почки в регуляции артериального давления - 17 (2009-01-01 - 2011-12-31)
Геномные основы подверженности к частым заболеваниям человека и проблема генетического тестирования
- 55 (2012-01-01 - 2014-12-31)
080 - Российский фонд фундаментальных исследований
080.010 - Инициативные проекты
- 20-04-60355 (конкурс «Вирусы») (2020-01-01 - 2022-12-31)
Разработка мультимасштабной иммуно-эпидемиологической математической модели COVID-19 с учетом воздействия на экономику региона и сценариев действия органов власти - 17-00-00296 КОМФИ (2017-11-12 - 2020-01-11)
Построение модульной математической модели, связывающей метаболические процессы с регуляцией генной экспрессии в скелетной мышце при функциональных сдвигах, связанных с изменением уровня двигательной активности - 16-01-00779-a (2016-01-01 - 2018-12-31)
Виртуальный пациент: разработка технологии, тестирование ее полезности на примере модульной математической модели сердечно-сосудистой системы человека и предсказание эффективности лечения артериальной гипертензии
- 20-04-60355 (конкурс «Вирусы») (2020-01-01 - 2022-12-31)
090 - Зарубежные гранты и проекты
- (2012-01-01 - 2015-12-31)
Разработка моделей патологий человека с использованием интеграционных данных и современных высокопроизводительных методов системной биологии. BMBF (Германия) - FASIE (Россия) - (2008-01-01 - 2012-12-31)
Грант Евросоюза FP7 LipidomicNet “Lipid droplets as dynamic organelles of fat deposition and release: Translational research towards human disease” - (2007-01-01 - 2011-12-31)
Грант Евросоюза FP6 SysCo “Systematic functional analysis of intracellular parasitism as a model of genomes conflict”
- (2012-01-01 - 2015-12-31)
Конференции (30)
Член организационного комитета
- International workshop "From virtual cell to virtual human and virtual patient". - (2012-06-24 - 2012-06-24). - Novosibirsk. - Russia
Автор доклада
- MCCMB'23 - 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology. - (2023-08-03 - 2023-08-06). - Москва. - Россия
- Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии». - (2022-11-14 - 2022-11-18). - Сочи. - Россия
- BGRS/SB-2022 - Thirteenth International Multiconference Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. - (2022-07-04 - 2022-07-08). - Novosibirsk. - Russia
- GRID 2021 - 9th International Conference "Distributed Computing and Grid Technologies in Science and Education". - (2021-07-05 - 2021-07-09). - Dubna. - Russia
- X Всероссийская конференция «Новые подходы к изучению проблем физиологии экстремальных состояний». - (2021-06-28 - 2021-07-01). - Москва. - Россия
- CSGB 2020 - International Conference on Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics 2020. - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2020 - The Twelfth International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- DICR-2019 - XVII Международная конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы: Цифровые двойники и большие данные». - (2019-12-03 - 2019-12-06). - Новосибирск. - Россия
- DICR-2019 - XVII Международная конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы: Цифровые двойники и большие данные». - (2019-12-03 - 2019-12-06). - Новосибирск. - Россия
- Всероссийская мультиконференция с международным участием "Биотехнология - медицине будущего". - (2019-06-29 - 2019-07-02). - Новосибирск. - Россия
- VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. - (2019-06-18 - 2019-06-22). - Санкт-Петербург. -
- Биотехнология: состояние и перспективы развития. - (2019-02-25 - 2019-02-27). - Москва. -
- SBB-2018 - Systems Biology and Bioinformatics. - (2018-08-27 - 2018-08-31). - Novosibirsk. - Russia
- MM-HPC-BBB-2018 - The 3rd International Symposium “Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology”. - (2018-08-21 - 2018-08-24). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2018 - The Eleventh International Conference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2018-08-20 - 2018-08-25). - Novosibirsk. - Russia
- DICR-2017 - XVI Российская конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» . - (2017-12-04 - 2017-12-07). - Новосибирск. - Россия
- NETTAB - 17th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology: Methods, Tools and Platforms for Personalized Medicine in the Big Data Era. - (2017-10-16 - 2017-10-18). - Palermo. - Italy
- BGRS\SB-2016 - Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2016-08-29 - 2016-09-02). - Novosibirsk. - Russia
- MM-HPC-BBB-2016 - International Conference «Mathematical Modeling And High Performance Computing In Bioinformatics, Biomedicine And Biotechnology». - (2016-08-29 - 2016-09-02). - Novosibirsk. - Russia
- SIBIRCON / SibMedInfo - 2015 International Conference on Biomedical Engineering and Computational Technologies. - (2015-10-28 - 2015-10-30). - Новосибирск. - Россия
- AMCA-2014 - Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2014. - (2014-06-08 - 2014-06-11). - Новосибирск. - Россия
- 7th Noordwijkerhout Symposium on Pharmakokinetics, Pharmacodynamics and Systems Pharmacology. Systems Pharmacology in Drug Discovery & Development. - (2014-04-23 - 2014-04-25). - Noordwijkerhout. - Netherlands
- International conference “High-throughput sequencing in genomes - 2013”. - (2013-07-21 - 2013-07-25). - Novosibirsk. - Russia
- XX международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов" – 2013. - (2013-04-08 - 2013-04-13). - Москва. - Россия
- BGRS\SB-2012 - Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2012-06-25 - 2012-06-29). - Novosibirsk. - Russia
- International workshop "From virtual cell to virtual human and virtual patient". - (2012-06-24 - 2012-06-24). - Novosibirsk. - Russia
- Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова . - (2011-10-11 - 2011-10-14). - Новосибирск. - Россия
- 12th International Conference on Systems Biology-2011. - (2011-08-28 - 2011-09-04). - Heidelberg. - Germany
- International Moscow Conference on Computational Molecular Biology–2011. - (2011-07-21 - 2011-07-24). - Moscow. - Russia
