Колпаков Федор Анатольевич
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Должность:
заведующий лабораторией
Почта:
fkolpakov@gmail.com
Телефон:
+7 (383) 330-30-70
Телефон:
+7 (383) 363-68-29
Идентификация во внешних системах
| РИНЦ: | 82338 (Профиль) |
| SCOPUS: | 7003530190 |
| ORCID: | 0000-0002-0396-0256 |
| Web of Science ResearcherID: | B-9985-2017 |
Публикации (156)
| Источник: | Год: | Есть в: | Тип: | Порция: |
| № | Индекс | Год | Библиографическая ссылка ( всего 156, показано с 1 ) |
|---|---|---|---|
| 1 | 67378 | 2024 | Kondrakhin P., Kolpakov F. Multilevel mathematical model of epileptic seizures // Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: Четырнадцатая международная мультиконференция: Тез. докл. Новосибирск, 5–10 авг. 2024 г. - 2024. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - С.2074-2076. - ISBN: 978-5-91291-067-8. |
| 2 | 67137 | 2024 | Kutumova E.O., Akberdin I.R., Egorova V.S., Kolesova E.P., Parodi A., Pokrovsky V.S., Zamyatnin Jr A.A., Kolpakov F.A. Physiologically based pharmacokinetic model for predicting the biodistribution of albumin nanoparticles after induction and recovery from acute lung injury // Heliyon. - 2024. - Vol.10. - Iss. 10. - Art.e30962. - ISSN 2405-8440. |
| 3 | 67138 | 2024 | Kutumova E.O., Kovaleva A., Sharipov R.N., Lifshits G., Kolpakov F.A. Mathematical modelling of the influence of ACE I/D polymorphism on blood pressure and antihypertensive therapy // Heliyon. - 2024. - Vol.10. - Iss. 9. - Art.e29988. - ISSN 2405-8440. |
| 4 | 67124 | 2024 | Reshetnikov V., Terenin I., Shepelkova G., Yeremeev V., Kolmykov S., Nagornykh M., Kolosova E., Sokolova T., Zaborova O., Kukushkin I., Kazakova A., Kunyk D., Kirshina A., Vasileva O., Seregina K., Pateev I., Kolpakov F., Ivanov R. Untranslated Region Sequences and the Efficacy of mRNA Vaccines against Tuberculosis // International Journal of Molecular Sciences. - 2024. - Vol.25. - Iss. 2. - Art.888 . - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 5 | 67136 | 2024 | Volyanskaya A.R., Akberdin I.R., Kulyashov M.A., Yevshin I.S., Romanov M.N., Shagimardanova E.I., Gusev O.A., Kolpakov F.A. A bird's-eye overview of molecular mechanisms regulating feed intake in chickens—with mammalian comparisons // Animal Nutrition. - 2024. - Vol.17. - P.61-74. - ISSN 2405-6545. |
| 6 | 67123 | 2024 | Vorontsov I.E., Eliseeva I.A., Zinkevich A., Nikonov M., Abramov S., Boytsov A., Kamenets V., Kasianova A., Kolmykov S., Yevshin I.S., Favorov A., Medvedeva Yu.A., Jolma A., Kolpakov F., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. HOCOMOCO in 2024: a rebuild of the curated collection of binding models for human and mouse transcription factors // Nucleic Acids Research. - 2024. - Vol.52. - Iss. D1. - P.D154-D163. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 7 | 67064 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Автореф. дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 46 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20avtoreferat.pdf |
| 8 | 67065 | 2024 | Колпаков Ф.А. Компьютерное моделирование биологических систем и анализ биомедицинских данных: Дис. .. доктора биологических наук: 1.5.8 – Математическая биология, биоинформатика / [Место защиты: ИППИ РАН, г. Москва, дата защиты: 05.02.2024]. - 2024. - Новосибирск. - 395 с. - http://iitp.ru/upload/content/1629/KFA%20disser.pdf |
| 9 | 67192 | 2024 | Колпаков Ф.А., Кутумова Е.О., Кондрахин П.Ю., Лифшиц Г.И. Цифровой двойник пациента // Международный конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию Российской науки и Высшей школы», Саратов, 14–19 июня 2024 года: Сборник тезисов. - 2024. - Санкт-Петербург: ООО Издательский дом "Петрополис". - С.494. |
| 10 | 66927 | 2023 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Delay-differential SEIR modeling for improved modelling of infection dynamics // Scientific Reports. - 2023. - Vol.13. - Art.13439. - ISSN 2045-2322. |
| 11 | 66926 | 2023 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Relationship Between Transcription Factor Binding Regions and Open Chromatin Regions in Human Based on GTRD Data // Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23 (August 3 - 6, 2023). - 2023. - Moscow: IITP RAS. - P.1-4. - ISBN: 978-5-901158-33-3. |
| 12 | 66928 | 2023 | Vertyshev A.Y., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. Numerous Trigger-like Interactions of Kinases/Protein Phosphatases in Human Skeletal Muscles Can Underlie Transient Processes in Activation of Signaling Pathways during Exercise // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol.24. - Iss. 13. - Art.11223. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067. |
| 13 | 66813 | 2023 | Бородулина А.Д., Кутумова Е.О., Лифшиц Г.И., Колпаков Ф.А. Математическое моделирование антигипертензивной терапии азилсартана медоксомилом на примере клинических данных реального пациента // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 1. - С.228-250. - EISSN 1994-6538. |
| 14 | 67071 | 2023 | Кондрахин П.Ю., Колпаков Ф.А. Многоуровневая математическая модель эпилептических припадков // Математическая биология и биоинформатика. - 2023. - Т.18. - № 2. - С.479-516. - EISSN 1994-6538. |
| 15 | 66545 | 2022 | Afonyushkin V., Akberdin I.R., Kozlova Y., Schukin I., Mironova T., Bobikova A., Cherepushkina V., Donchenko N., Poletaeva Y., Kolpakov F.A. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 11. - Art.1925. - EISSN 2227-7390. |
| 16 | 66683 | 2022 | Akberdin I.R., Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Pintus S.S., Yevshin I.S., Sheng G., Deviatiiarov R.M., Stupina A.A., Gusev O.A., Kolpakov F.A. Reconstruction of a genome-scale metabolic model for chicken whole embryo considering transcriptomics data // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.573. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 17 | 66547 | 2022 | Boytsov A., Abramov S., Aiusheeva A., Kasianova A., Baulin E., Kuznetsov I., Aulchenko Y., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Kolpakov F., Vorontsov I.E., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W51-W56. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
| 18 | 66685 | 2022 | Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. A delay differential equation approach to model the COVID-19 pandemic // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.903. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 19 | 66564 | 2022 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
| 20 | 66544 | 2022 | Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
Проекты (20)
020 - Фундаментальные научные исследования (базовые темы)
- (2025-01-01 - 2027-12-31)
Базовая тема № 4 «Разработка и анализ вычислительных и информационных технологий решения фундаментальных и прикладных проблем биологии и медицины» - 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2022-01-01 - 2024-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2020-01-01 - 2021-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - АААА-А17-117120670141-7 (2017-01-01 - 2020-12-31)
Базовая тема № 2 «Теоретические основы, алгоритмическое обеспечение и информационные технологии для решения фундаментальных и прикладных задач исследования сложных техногенных, природных и биологических систем» 020.010 - Проекты в рамках базовой темы ФНИ
- (2025-01-01 - 2027-12-31)
030 - Федеральные целевые программы
030.060 - Федеральная научно-техническая программа развития генетических технологий на 2019-2027 годы
040 - Российский научный фонд
040.010 - Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
Интеграция и анализ омиксных данных по регуляции транскрипции, оценка влияния SNV - 19-72-20114 (2019-01-01 - 2021-12-31)
Разработка системы моделирования, обработки и хранения данных установки класса мегасайенс «Супер С-тау фабрика»
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
050 - Программы Президиума РАН
- ФНМ-33 (2012-01-01 - 2013-12-31)
Создание на основе современных веб-технологий программного комплекса для проведения мультицентровых клинико-эпидемиологических исследований мультифакториальных заболеваний 050.070 - Программа № 14 «Проблемы создания информационно-вычислительной среды на основе GRID-технологий, облачных вычислений и современных телекоммуникационных систем» (2012-2014)
- ПРАН-2012-14.4 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Распределенная информационно-вычислительная среда СО РАН
- ПРАН-2012-14.4 (2012-01-01 - 2014-12-31)
- ФНМ-33 (2012-01-01 - 2013-12-31)
070 - Программы и проекты СО РАН
070.010 - Интеграционные проекты СО РАН
070.010.010 - Междисциплинарные интеграционные проекты
- 55 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Создание панели изогенных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека, несущих мутации, связанные с развитием различных форм амиотрофического бокового склероза - 58 (2012-01-01 - 2014-12-31)
Коррекция мутантного фенотипа с использованием плюрипотентных клеток на модели крыс Браттлборо с наследственным несахарным диабетом - 91 (2009-01-01 - 2011-12-31)
Построение модели функционирования почки в регуляции артериального давления - 17 (2009-01-01 - 2011-12-31)
Геномные основы подверженности к частым заболеваниям человека и проблема генетического тестирования
- 55 (2012-01-01 - 2014-12-31)
080 - Российский фонд фундаментальных исследований
080.010 - Инициативные проекты
- 20-04-60355 (конкурс «Вирусы») (2020-01-01 - 2022-12-31)
Разработка мультимасштабной иммуно-эпидемиологической математической модели COVID-19 с учетом воздействия на экономику региона и сценариев действия органов власти - 17-00-00296 КОМФИ (2017-11-12 - 2020-01-11)
Построение модульной математической модели, связывающей метаболические процессы с регуляцией генной экспрессии в скелетной мышце при функциональных сдвигах, связанных с изменением уровня двигательной активности - 16-01-00779-a (2016-01-01 - 2018-12-31)
Виртуальный пациент: разработка технологии, тестирование ее полезности на примере модульной математической модели сердечно-сосудистой системы человека и предсказание эффективности лечения артериальной гипертензии
- 20-04-60355 (конкурс «Вирусы») (2020-01-01 - 2022-12-31)
090 - Зарубежные гранты и проекты
- (2012-01-01 - 2015-12-31)
Разработка моделей патологий человека с использованием интеграционных данных и современных высокопроизводительных методов системной биологии. BMBF (Германия) - FASIE (Россия) - (2008-01-01 - 2012-12-31)
Грант Евросоюза FP7 LipidomicNet “Lipid droplets as dynamic organelles of fat deposition and release: Translational research towards human disease” - (2007-01-01 - 2011-12-31)
Грант Евросоюза FP6 SysCo “Systematic functional analysis of intracellular parasitism as a model of genomes conflict”
- (2012-01-01 - 2015-12-31)
Конференции (32)
Член организационного комитета
- International workshop "From virtual cell to virtual human and virtual patient". - (2012-06-24 - 2012-06-24). - Novosibirsk. - Russia
Автор доклада
- BGRS/SB-2024 - Четырнадцатая международная мультиконференция «Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология». - (2024-08-05 - 2024-08-10). - Новосибирск. - Россия
- Международный конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300-летию Российской науки и Высшей школы». - (2024-06-14 - 2024-06-19). - Саратов. - Россия
- MCCMB'23 - 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology. - (2023-08-03 - 2023-08-06). - Москва. - Россия
- Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии». - (2022-11-14 - 2022-11-18). - Сочи. - Россия
- BGRS/SB-2022 - Thirteenth International Multiconference Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. - (2022-07-04 - 2022-07-08). - Novosibirsk. - Russia
- GRID 2021 - 9th International Conference "Distributed Computing and Grid Technologies in Science and Education". - (2021-07-05 - 2021-07-09). - Dubna. - Russia
- X Всероссийская конференция «Новые подходы к изучению проблем физиологии экстремальных состояний». - (2021-06-28 - 2021-07-01). - Москва. - Россия
- CSGB 2020 - International Conference on Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics 2020. - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2020 - The Twelfth International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- DICR-2019 - XVII Международная конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы: Цифровые двойники и большие данные». - (2019-12-03 - 2019-12-06). - Новосибирск. - Россия
- DICR-2019 - XVII Международная конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы: Цифровые двойники и большие данные». - (2019-12-03 - 2019-12-06). - Новосибирск. - Россия
- Всероссийская мультиконференция с международным участием "Биотехнология - медицине будущего". - (2019-06-29 - 2019-07-02). - Новосибирск. - Россия
- VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы. - (2019-06-18 - 2019-06-22). - Санкт-Петербург. -
- Биотехнология: состояние и перспективы развития. - (2019-02-25 - 2019-02-27). - Москва. -
- SBB-2018 - Systems Biology and Bioinformatics. - (2018-08-27 - 2018-08-31). - Novosibirsk. - Russia
- MM-HPC-BBB-2018 - The 3rd International Symposium “Mathematical Modeling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology”. - (2018-08-21 - 2018-08-24). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2018 - The Eleventh International Conference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2018-08-20 - 2018-08-25). - Novosibirsk. - Russia
- DICR-2017 - XVI Российская конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» . - (2017-12-04 - 2017-12-07). - Новосибирск. - Россия
- NETTAB - 17th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology: Methods, Tools and Platforms for Personalized Medicine in the Big Data Era. - (2017-10-16 - 2017-10-18). - Palermo. - Italy
- BGRS\SB-2016 - Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2016-08-29 - 2016-09-02). - Novosibirsk. - Russia
- MM-HPC-BBB-2016 - International Conference «Mathematical Modeling And High Performance Computing In Bioinformatics, Biomedicine And Biotechnology». - (2016-08-29 - 2016-09-02). - Novosibirsk. - Russia
- SIBIRCON / SibMedInfo - 2015 International Conference on Biomedical Engineering and Computational Technologies. - (2015-10-28 - 2015-10-30). - Новосибирск. - Россия
- AMCA-2014 - Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2014. - (2014-06-08 - 2014-06-11). - Новосибирск. - Россия
- 7th Noordwijkerhout Symposium on Pharmakokinetics, Pharmacodynamics and Systems Pharmacology. Systems Pharmacology in Drug Discovery & Development. - (2014-04-23 - 2014-04-25). - Noordwijkerhout. - Netherlands
- International conference “High-throughput sequencing in genomes - 2013”. - (2013-07-21 - 2013-07-25). - Novosibirsk. - Russia
- XX международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов" – 2013. - (2013-04-08 - 2013-04-13). - Москва. - Россия
- BGRS\SB-2012 - Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2012-06-25 - 2012-06-29). - Novosibirsk. - Russia
- International workshop "From virtual cell to virtual human and virtual patient". - (2012-06-24 - 2012-06-24). - Novosibirsk. - Russia
- Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова . - (2011-10-11 - 2011-10-14). - Новосибирск. - Россия
- 12th International Conference on Systems Biology-2011. - (2011-08-28 - 2011-09-04). - Heidelberg. - Germany
- International Moscow Conference on Computational Molecular Biology–2011. - (2011-07-21 - 2011-07-24). - Moscow. - Russia
