Информация о сотруднике

Колпаков Федор Анатольевич

Ученая степень:

кандидат биологических наук

Должность:

заведующий лабораторией

Почта:

fkolpakov@gmail.com

Телефон:

+7 (383) 330-30-70

Телефон:

+7 (383) 363-68-29

Идентификация во внешних системах

РИНЦ:	82338 (Профиль)
SCOPUS:	7003530190
ORCID:	0000-0002-0396-0256

№	Индекс	Год	Библиографическая ссылка ( всего 142, показано с 1 )
1	66545	2022	Afonyushkin V., Akberdin I.R., Kozlova Y., Schukin I., Mironova T., Bobikova A., Cherepushkina V., Donchenko N., Poletaeva Y., Kolpakov F.A. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 11. - Art.1925. - EISSN 2227-7390.
2	66683	2022	Akberdin I.R., Kulyashov M.A., Kolmykov S.K., Pintus S.S., Yevshin I.S., Sheng G., Deviatiiarov R.M., Stupina A.A., Gusev O.A., Kolpakov F.A. Reconstruction of a genome-scale metabolic model for chicken whole embryo considering transcriptomics data // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.573. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
3	66547	2022	Boytsov A., Abramov S., Aiusheeva A., Kasianova A., Baulin E., Kuznetsov I., Aulchenko Y., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Kolpakov F., Vorontsov I.E., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W51-W56. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
4	66685	2022	Kiselev I.N., Akberdin I.R., Kolpakov F.A. A delay differential equation approach to model the COVID-19 pandemic // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.903. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
5	66564	2022	Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
6	66544	2022	Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
7	66681	2022	Kolpakov F.A., Kiselev I.N., Kutumova E.O., Akberdin I.R., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Zhatchenko S.A. Sirius platform as environment for evolutionary development of mathematical models of complex biological systems // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.214. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
8	66623	2022	Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Egorova V.S., Syrocheva A.O., Parodi A., Zamyatnin A.A., Kolpakov F.A. Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling of Nanoparticle Biodistribution: A Review of Existing Models, Simulation Software, and Data Analysis Tools // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - Vol.23. - Iss. 20. - Art.12560. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067.
9	66516	2022	Kutumova E.O., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Sharipov R.N., Kolpakov F.A. Modular Representation of Physiologically Based Pharmacokinetic Models: Nanoparticle Delivery to Solid Tumors in Mice as an Example // Mathematics. - 2022. - Vol.10. - Iss. 7. - Art.1176. - EISSN 2227-7390.
10	66548	2022	Makhnovskii P.A., Gusev O.A., Bokov R.O., Gazizova G.R., Vepkhvadze T., Lysenko E.A., Vinogradova O.L., Kolpakov F.A., Popov D.V. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Human Genomics. - 2022. - Vol.16. - Iss. 1. - Art.24. - ISSN 1473-9542. - EISSN 1479-7364.
11	66565	2022	Makhnovskii P.A., Gusev O., Bokov R., Gazizova G., Vepkhvadze T., Lysenko E., Vinogradova O., Kolpakov F.A., Popov D. Alternative transcription start sites contribute to acute-stress-induced transcriptome response in human skeletal muscle // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.84. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
12	66684	2022	Miroshnichenko M.I., Akberdin I.R., Afonyushkin V.N., Kolpakov F.A. Mathematical modeling of SARS-CoV-2 infection process and virus spreading in the human body considering B and T cell-mediated immune responses // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.883. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
13	66566	2022	Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Heterogeneity of transcription factor binding sites within ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.94. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
14	66682	2022	Son A., Akberdin I., Kiselev I., Pintus S., Vertyshev A., Popov D., Kolpakov F. Modeling of contractile activity-induced fatigue in human skeletal muscle // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.234. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
15	66688	2022	Акбердин И.Р., Мирошниченко М.И., Щукин И.А., Колпаков Ф.А. Визуальное моделирование и воспроизводимость математических моделей в иммунологии инфекционных заболеваний // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.57-59. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf
16	66687	2022	Колпаков Ф.А., Кутумова Е.О., Акбердин И.Р., Рябова А.С., Евшин И.С., Жатченко С.А. Sirius-web - среда для эволюционного создания математических моделей сложных биологических систем // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.53-56. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf
17	66686	2022	Мирошниченко М.И., Афонюшкин В.Н., Колпаков Ф.А., Акбердин И.Р. Математическое моделирование процессов заражения и распределения вируса SARS-CoV-2 в организме человека с учетом формирования В- и Т-клеточных иммунных ответов // Международная конференция «Прикладная математика иммунологии и вирусологии», Сочи, Россия, 14-18 ноября 2022 года. Программа. - 2022. - Сочи: Университет «Сириус». - С.47-49. - https://siriusmathcenter.ru/pr_img/1918100371/20221112/62063230/Program_027w.pdf
18	65468	2021	Abramov S., Boytsov A., Bykova D., Penzar D.D., Yevshin I., Kolmykov S.K., Fridman M.V., Favorov A.V., Vorontsov I.E., Baulin E., Kolpakov F.A., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V. Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome // Nature Communications. - 2021. - Vol.12. - Art.2751. - ISSN 2041-1723. - https://www.nature.com/articles/s41467-021-23007-0
19	65985	2021	Akberdin I.R., Kiselev I.N., Pintus S.S., Sharipov R.N., Vertyshev A.Y., Vinogradova O.L., Popov D.V., Kolpakov F.A. A modular mathematical model of exercise-induced changes in metabolism, signaling, and gene expression in human skeletal muscle // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - Vol.22. - Iss. 19. - Art.10353. - ISSN 1661-6596. - EISSN 1422-0067.
20	65921	2021	Bokov R.O., Makhnovskii P.A., Kolpakov F.A., Popov D.V. Transcriptome responses in human skeletal muscle to acute and regular aerobic exercise: a meta-analysis // FEBS Open Bio. - 2021. - Т.11. - С.117. - ISSN 2211-5463.

ФИЦ ИВТ

Информация о сотруднике

Колпаков Федор Анатольевич

Идентификация во внешних системах

Публикации (142)

Проекты (19)

020 - Фундаментальные научные исследования (базовые темы)

020.010 - Проекты в рамках базовой темы ФНИ

030 - Федеральные целевые программы

030.060 - Федеральная научно-техническая программа развития генетических технологий на 2019-2027 годы

040 - Российский научный фонд

040.010 - Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами

050 - Программы Президиума РАН

070 - Программы и проекты СО РАН

070.010 - Интеграционные проекты СО РАН

070.010.010 - Междисциплинарные интеграционные проекты

080 - Российский фонд фундаментальных исследований

080.010 - Инициативные проекты

090 - Зарубежные гранты и проекты

Конференции (29)

Член организационного комитета

Автор доклада

Новости

Другие новости