В докладе рассматривается компьютерная система PhysiCell (http://physicell.org/), которая позволяет моделировать различные процессы, учитывая расположение и взаимодействие в пространстве между различными клетками, их деление, гибель, движение, а также биохимические процессы, проходящие в каждой клетке.
Будут рассмотрены следующие модели:
- cancer immune: модель развития сфероидной опухоли и последующая атака иммунными клетками в трехмерном пространстве. В рамках данной модели создается порядка 10^5 агентов, поведение каждого из которых описывается отдельно;  
- virus macrophage: в модели генерируется 1000 агентов, 10 из которых случайным образом заражены изначально. В момент смерти зараженной клетки, вирус внутри высвобождается, тем самым запуская цепную реакцию заражения;
- interactions: симуляция одновременного взаимодействия большого числа различных типов агентов - кровеносные сосуды, ткань, бактерии, макрофаги, CD8+ T-лимфоциты, нейтрофилы итд. В случайных координатах пространства возникают очаги размножающихся бактерий, привлекающие макрофаги и лимфоциты.
Сейчас идет портирование PhysiCell c языка C++ на Java с целью дальнейшей интеграции в платформу BioUML.
 

Cеминар пройдёт в смешанном формате: очное заседание пройдёт в конференц-зале ФИЦ ИВТ (к.513), онлайн подключение будет осуществляться по ссылке: https://vcs-6.ict.nsc.ru/rooms/gus-s1x-jdx-7cn/join