Цель данной работы – разработка интегрированной с биологическими базами данных, расширяемой компьютерной программы для формального описания и визуального моделирования сложных биологических систем на разных иерархических уровнях и с разным уровнем детализации происходящих в них процессов. Для достижения этой цели были поставлены и решены следующие задачи: 1. Разработать универсальный подход для формального описания структуры и функционирования биологических систем на разных иерархических уровнях и с разным уровнем детализации происходящих в них процессов. 2. Учитывая громадный массив экспериментальных данных по различным компонентам биологических систем, накопленных в базах данных, обеспечить эффективную интеграцию с основными биологическими базами данных и широкие возможности поиска информации по условиям, заданным пользователем программы. 3. Разработать методы для автоматической генерации программного кода для численного моделирования динамики биологических систем на основе их формального описания в виде диаграмм. 4. Продемонстрировать применимость разработанных подходов для формального описания и моделирования нескольких биологических систем.