| Инд. авторы: | Мальцев В.Ю., Молородов Ю.И., Скачков Д.М. |
| Заглавие: | Технология извлечения информации об ареалах распространения видов бактериальных патогенов переносимых иксодовыми клещами |
| Библ. ссылка: | Мальцев В.Ю., Молородов Ю.И., Скачков Д.М. Технология извлечения информации об ареалах распространения видов бактериальных патогенов переносимых иксодовыми клещами // XV Российская конференция с международным участием «Распределенные информационные и вычислительные ресурсы» DICR-2014: Новосибирск, 2-5 декабря 2014 г: Программа. Тезисы докладов. Авторский указатель участников / Институт вычислительных технологий СО РАН. - 2014. - Новосибирск: Институт вычислительных технологий Сибирского отделения РАН. - С.30-31. - ISBN: 978-5-905569-06-7. - http://konf.ict.nsc.ru/dicr2014/reportview/249374 |
| Реферат: | rus: Разработана структура и проведена опытная эксплуатация базы данных нуклеотидных последовательностей бактерий и вирусов, переносимых клещами [1]. Для управления базой данных используется объектно-реляционная система PostgreSQL8.4. К настоящему времени таблицы БД содержат более 700 записей объемом более 2Мб, а их работу обеспечивает набор специализированных программ. Программы и структура таблиц обеспечивают не только поиск данных, но и позволят реализовать некоторые эвристические алгоритмы анализа данных полевых наблюдений. По существу это позволит сделать базу данных информационно - аналитической системой (ИАС). ИАС по клещам и переносимым ими патогенам позволяет не только накапливать первичную информацию, но и проводить всесторонний анализ закономерностей географического распространения и паразито-хозяинных связей представителей этой группы (насекомых) паразитов.
Разработка моделей и алгоритмов поиска функциональных зависимостей в массивах данных предполагает, прежде всего, построение модели предметной области. В качестве модели предметной области обычно выступает ее онтология.
Мы показали [2], что тезаурус становится онтологией тогда, когда связи между дескрипторами не просто эксплицированы (как это предусмотрено в классическом определении тезауруса), но и классифицированы универсальными зависимостями типа «общее – частное», «часть – целое», «причина – следствие» и т.п. Для эффективной работы с фактами следует, чтобы сущности, относящиеся к предметной области, были представлены не только обозначающими их терминами, но и достаточно широким набором атрибутов, т.е. речь идет об онтологии, обладающей известными признаками модели предметной области.
В процессе работы была уточнена модель предметной области «Геномика патогенов, переносимых иксодовыми клещами» и на ее основе построена онтологическая спецификация понятий.
Для создания долговременных архивов данных секвенирования, разработаны алгоритмы интеграции в БД текстов секвенированных последовательностей в формате FASTA. Предусмотрено проведение проверок при загрузке текстов, допустимой последовательности символов. Структура базы данных дополнена двумя связанными таблицами: Последовательности (Sequences) и Клещи (ticks), в общем случае – организмы. В таблице Sequences определены основные поля, которые являются атрибутами последовательности. Для дополнительных атрибутов выделено отдельное поле, где значения хранятся в формате: [attribute_name_1=attribute_value_1] ; [attribute_name_1=attribute_value_1] . Таким образом, некоторые записи в таблице Sequences могут иметь свои текстовые атрибуты. Аналогичные поля определены в таблице Ticks. Основными полями являются атрибуты клеща. Для дополнительных атрибутов выделено отдельное поле, где значения хранятся в формате: [attribute_name_1=attribute_value_1] ; [attribute_name_1=attribute_value_1] .
В настоящее время проходит опытную эксплуатацию процедура загрузки данных в таблицу Sequences на основе XML-формата.
Для отображения ранее собранной информации об ареалах распространения клещей и переносимых ими бактериальных патогенов на территории Азиатской части России [3] разработан специализированный программный ГИС-модуль. В результате работы этого модуля на географической карте в виде маркеров места обитания конкретной популяции клещей видов Ixodes persulcatus и Ixodes pavlovskyi и связанных с ними переносимых заболеваний. На карте выбраны территории Южной, Северо-Восточной и Северной физико-географических провинций Алтае-Саянской горной страны, ее предгорий (Салаирский кряж) и лесостепного Приобья Западно-Сибирской равнины. В качестве карт был использован сервис Google Maps. По умолчанию на карту добавляются дополнительные элементы управления – большой элемент масштабирования и панорамирования, а также переключатель типа карты. Пользователь имеет возможность изменить размер карты, одновременно изменяя и размер информационного маркера. |
| Издано: | 2014 |
| Физ. характеристика: | с.30-31 |
| Ссылка: | http://konf.ict.nsc.ru/dicr2014/reportview/249374 |
| Конференция: | Название: XV Российская конференция с международным участием «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы» Аббревиатура: DICR-2014 Город: Новосибирск Страна: Россия Даты проведения: 2014-12-02 - 2014-12-05 Ссылка: http://konf.ict.nsc.ru/dicr2014/ |
| Цитирование: | 1. В.Ю. Мальцев, Ю.И. Молородов, Д.М. Скачков, Н.В. Тикунова Информационно-вычислительная система "Геномика патогенов, переносимых иксодовыми клещами" // Совместный вып. Вестник Восточно-Казахстанского государственного технического университета им. Д. Серикбаева и журнала "Вычислительные технологии" Института вычислительных технологий СО РАН .- с. 305-312. Усть-Каменогорск 2013. 2. Барахнин В.Б., Федотов А.М. Уточнение терминологии, используемой при описании интеллектуальных информационных систем, на основе семиотического подхода // Известия вузов. Проблемы полиграфии и издательского дела. – 2008. – № 6 – С.73-81. 3. 2. Ливанова Н.Н., Боргаяков В.Ю., Ливанов С.Г., Тикунова Н.В., Фоменко Н.В.. Характеристика природных очагов клещевых боррелиозов новосибирского научного центра и новосибирской области. // Журнал инфекционной патологии. 2012. Т.19 № 3, С.33. |
