Кондрахин Юрий Васильевич
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Должность:
старший научный сотрудник
Почта:
Идентификация во внешних системах
РИНЦ: | 81754 (Профиль) |
SCOPUS: | 6602511474 |
Публикации (31)
Источник: | Год: | Есть в: | Тип: | Порция: |
№ | Индекс | Год | Библиографическая ссылка ( всего 31, показано с 1 ) |
---|---|---|---|
1 | 66564 | 2022 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
2 | 66544 | 2022 | Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
3 | 66566 | 2022 | Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Heterogeneity of transcription factor binding sites within ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.94. - ISBN: 978-5-91291-059-3. |
4 | 65293 | 2021 | Kolmykov S., Yevshin I.S., Kulyashov M., Sharipov R.N., Kondrakhin Y., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V., Kel A., Kolpakov F. GTRD: an integrated view of transcription regulation // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol.49. - Iss. D1. - P.D104-D111. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
5 | 65220 | 2020 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Meta-analysis of ChIP-seq Datasets through the Rank Aggregation Approach // Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.180-184. - ISBN: 978-172819597-1 . |
6 | 64973 | 2020 | Kolpakov F.A., Evshin I.S., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kulyashov M.A., Sharipov R.N. GTRD - an integrated view on transcription regulation // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.45-46. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
7 | 65301 | 2020 | Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Kolpakov F.A. Assessment of transcriptional importance of cell line-specific features based on GTRD and FANTOM5 data // PloS ONE. - 2020. - Vol.15. - Iss. 12. - Art.e0243332. - ISSN 1932-6203. |
8 | 64967 | 2020 | Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Kolmykov S.K., Kolpakov F.A. Peak caller comparison through quality control of ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.105-106. - ISBN: 978-5-91291-051-7. |
9 | 63935 | 2019 | Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Population size estimation for quality control of ChIP-Seq datasets // PloS ONE. - 2019. - Vol.14. - Iss. 8. - Art.e0221760. - ISSN 1932-6203. |
10 | 63932 | 2019 | Kolpakov F., Akberdin I., Kashapov T., Kiselev I., Kolmykov S., Kondrakhin Y., Kutumova E., Mandrik N., Pintus S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I., Kel A. BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. W1. - P.W225-W233. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
11 | 63056 | 2019 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. GTRD: a database on gene transcription regulation–2019 update // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. D1. - P.D100-D105. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962. |
12 | 63886 | 2019 | Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Gtrd: a database on gene transcription regulation // Биотехнология: состояние и перспективы развития: Материалы международного конгресса (Москва, 25.02-27.02.2019). Выпуск 17. - 2019. - Москва: Общество с ограниченной ответственностью "Русские Экспо Дни Групп". - С.389-390. - ISBN: 978-5-9909118-0-2. |
13 | 62584 | 2018 | Kolmykov S., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. New method for estimation of number of transcription factor binding sites using results of processing of chip-seq data by different peak callers // Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018): The Tenth International Young Scientists School. Abstracts. - 2018: ICG SB RAS. - P.52. - ISBN: 978-5-91291-043-2. |
14 | 63520 | 2018 | Kondrakhin Y., Sharipov R.N., Volkova O. Comparative analysis of protein-coding potential of mrnas and lncrnas based on sequence features // Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium. Abstracts. The Eleventh International Conference. - 2018: Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences. - ISBN: 978-5-91291-040-1. |
15 | 62252 | 2018 | Volkova O.A., Kondrakhin Y.V., Kashapov T.A., Sharipov R.N. Comparative analysis of protein-coding and long non-coding transcripts based on RNA sequence features // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. - 2018. - Vol.16. - Iss. 2. - Art.1840013. - ISSN 0219-7200. - EISSN 1757-6334. |
16 | 64007 | 2018 | Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Kolpakov F. Prediction of gene expression level by using chip-seq-derived data from the gtrd database and transcription start sites identified by the fantom5 project // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2018): The Eleventh International Conference. - 2018. - Novosibirsk. - ISBN: 978-5-91291-036-4. |
17 | 60891 | 2017 | Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. Prediction of start codons and mRNA translation efficiency using RiboSeq-based weight matrices // Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 2017): Moscow, 27-30.07.2017. - 2017. - Moscow: IITP RAS (Kharkevich Institute). - Art.52. - ISBN: 978-5-901158-30-2. - http://mccmb.belozersky.msu.ru/2017/proceedings/abstracts/52.pdf |
18 | 61212 | 2017 | Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. Start codons and mrna translation efficiency prediction using riboseq-based weight matrices // Высокопроизводительное секвенирование в геномике: II Всероссийская конференция с международным участием. - 2017. - Vol.1: ООО "Парк-медиа". - P.25а-25а. - ISBN: 978-5-9902238-5-1. |
19 | 60377 | 2017 | Волкова О.А., Кондрахин Ю.В., Шарипов Р.Н. Сравнительный анализ особенностей организации нуклеотидных последовательностей МРНК и длинных некодирующих РНК // XVI Российская конференция «Распределенные информационно - вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» (DICR-2017): Труды XVI Всероссийской конференции (4-7 декабря 2017 г.). Новосибирск / Под ред. О.Л. Жижимова, А.М. Федотова. - 2017. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.286-293. - ISBN: 978-5-905569-10-4. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/1467/40/paper36.pdf |
20 | 57007 | 2016 | Kondrakhin Y., Valeev T., Sharipov R., Yevshin I., Kolpakov F., Kel A. Prediction of protein-dna interactions of transcription factors linking proteomics and transcriptomics data // EuPA Open Proteomics. - 2016. - Vol.13. - P.14-23. - ISSN 2212-9685. |
Проекты (6)
020 - Фундаментальные научные исследования (базовые темы)
- 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2022-01-01 - 2024-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2020-01-01 - 2021-12-31)
Базовая тема № 3 «Разработка и анализ информационных и вычислительных технологий в задачах мониторинга и создания цифровых двойников различных явлений и объектов» - АААА-А17-117120670141-7 (2017-01-01 - 2020-12-31)
Базовая тема № 2 «Теоретические основы, алгоритмическое обеспечение и информационные технологии для решения фундаментальных и прикладных задач исследования сложных техногенных, природных и биологических систем»
- 122010800028-4 (ЕГИСУ) (2022-01-01 - 2024-12-31)
040 - Российский научный фонд
040.010 - Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
Интеграция и анализ омиксных данных по регуляции транскрипции, оценка влияния SNV
- 19-14-00295 (2019-05-01 - 2021-12-31)
050 - Программы Президиума РАН
070 - Программы и проекты СО РАН
070.010 - Интеграционные проекты СО РАН
070.010.010 - Междисциплинарные интеграционные проекты
Конференции (13)
Автор доклада
- BGRS/SB-2022 - Thirteenth International Multiconference Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology. - (2022-07-04 - 2022-07-08). - Novosibirsk. - Russia
- CSGB 2020 - International Conference on Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics 2020. - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2020 - The Twelfth International Multiconference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2020-07-06 - 2020-07-10). - Novosibirsk. - Russia
- Биотехнология: состояние и перспективы развития. - (2019-02-25 - 2019-02-27). - Москва. -
- SBB-2018 - Systems Biology and Bioinformatics. - (2018-08-27 - 2018-08-31). - Novosibirsk. - Russia
- BGRS/SB-2018 - The Eleventh International Conference "Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology". - (2018-08-20 - 2018-08-25). - Novosibirsk. - Russia
- DICR-2017 - XVI Российская конференция «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» . - (2017-12-04 - 2017-12-07). - Новосибирск. - Россия
- MCCMB 2017 - International Moscow Conference on Computational Molecular Biology. - (2017-07-27 - 2017-07-30). - Moscow. - Russia
- II Всероссийская конференция с международным участием «Высокопроизводительное секвенирование в геномике». - (2017-06-18 - 2017-06-23). - Новосибирск. - Россия
- BGRS\SB-2016 - Tenth International Conference on Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2016-08-29 - 2016-09-02). - Novosibirsk. - Russia
- 7th Noordwijkerhout Symposium on Pharmakokinetics, Pharmacodynamics and Systems Pharmacology. Systems Pharmacology in Drug Discovery & Development. - (2014-04-23 - 2014-04-25). - Noordwijkerhout. - Netherlands
- BGRS\SB-2012 - Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. - (2012-06-25 - 2012-06-29). - Novosibirsk. - Russia
- Международная конференция «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова . - (2011-10-11 - 2011-10-14). - Новосибирск. - Россия