Информация о сотруднике

Кондрахин Юрий Васильевич

Ученая степень:

кандидат биологических наук

Должность:

старший научный сотрудник

Почта:

Идентификация во внешних системах

РИНЦ:	81754 (Профиль)
SCOPUS:	6602511474

№	Индекс	Год	Библиографическая ссылка ( всего 31, показано с 1 )
1	66564	2022	Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Transcription factor binding sites: data integration, stable identifiers and incremental builds // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.77. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
2	66544	2022	Kolpakov F., Akberdin I.R., Kiselev I.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y., Kulyashov M., Kutumova E.O., Pintus S.S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Zhatchenko S., Kel A. BioUML - towards a universal research platform // Nucleic Acids Research. - 2022. - Vol.50. - Iss. W1. - P.W124-W131. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
3	66566	2022	Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Kolmykov S.K., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Heterogeneity of transcription factor binding sites within ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB-2022): Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Новосибирск, 04–08 июля 2022 года. - 2022. - Новосибирск: ФИЦ ИЦиГ СО РАН. - P.94. - ISBN: 978-5-91291-059-3.
4	65293	2021	Kolmykov S., Yevshin I.S., Kulyashov M., Sharipov R.N., Kondrakhin Y., Makeev V.J., Kulakovskiy I.V., Kel A., Kolpakov F. GTRD: an integrated view of transcription regulation // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol.49. - Iss. D1. - P.D104-D111. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
5	65220	2020	Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Yevshin I.S., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Meta-analysis of ChIP-seq Datasets through the Rank Aggregation Approach // Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020 (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.180-184. - ISBN: 978-172819597-1 .
6	64973	2020	Kolpakov F.A., Evshin I.S., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kulyashov M.A., Sharipov R.N. GTRD - an integrated view on transcription regulation // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.45-46. - ISBN: 978-5-91291-051-7.
7	65301	2020	Sharipov R.N., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Yevshin I.S., Kolpakov F.A. Assessment of transcriptional importance of cell line-specific features based on GTRD and FANTOM5 data // PloS ONE. - 2020. - Vol.15. - Iss. 12. - Art.e0243332. - ISSN 1932-6203.
8	64967	2020	Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Ryabova A.S., Kolmykov S.K., Kolpakov F.A. Peak caller comparison through quality control of ChIP-Seq datasets // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts (Novosibirsk, 06.07-10.07.2020). - 2020. - Novosibirsk. - P.105-106. - ISBN: 978-5-91291-051-7.
9	63935	2019	Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Yevshin I.S., Sharipov R.N., Ryabova A.S., Kolpakov F.A. Population size estimation for quality control of ChIP-Seq datasets // PloS ONE. - 2019. - Vol.14. - Iss. 8. - Art.e0221760. - ISSN 1932-6203.
10	63932	2019	Kolpakov F., Akberdin I., Kashapov T., Kiselev I., Kolmykov S., Kondrakhin Y., Kutumova E., Mandrik N., Pintus S., Ryabova A., Sharipov R.N., Yevshin I., Kel A. BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. W1. - P.W225-W233. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
11	63056	2019	Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. GTRD: a database on gene transcription regulation–2019 update // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol.47. - Iss. D1. - P.D100-D105. - ISSN 0305-1048. - EISSN 1362-4962.
12	63886	2019	Yevshin I.S., Sharipov R.N., Kolmykov S.K., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. Gtrd: a database on gene transcription regulation // Биотехнология: состояние и перспективы развития: Материалы международного конгресса (Москва, 25.02-27.02.2019). Выпуск 17. - 2019. - Москва: Общество с ограниченной ответственностью "Русские Экспо Дни Групп". - С.389-390. - ISBN: 978-5-9909118-0-2.
13	62584	2018	Kolmykov S., Kondrakhin Y.V., Kolpakov F.A. New method for estimation of number of transcription factor binding sites using results of processing of chip-seq data by different peak callers // Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2018): The Tenth International Young Scientists School. Abstracts. - 2018: ICG SB RAS. - P.52. - ISBN: 978-5-91291-043-2.
14	63520	2018	Kondrakhin Y., Sharipov R.N., Volkova O. Comparative analysis of protein-coding potential of mrnas and lncrnas based on sequence features // Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium. Abstracts. The Eleventh International Conference. - 2018: Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences. - ISBN: 978-5-91291-040-1.
15	62252	2018	Volkova O.A., Kondrakhin Y.V., Kashapov T.A., Sharipov R.N. Comparative analysis of protein-coding and long non-coding transcripts based on RNA sequence features // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. - 2018. - Vol.16. - Iss. 2. - Art.1840013. - ISSN 0219-7200. - EISSN 1757-6334.
16	64007	2018	Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Kolpakov F. Prediction of gene expression level by using chip-seq-derived data from the gtrd database and transcription start sites identified by the fantom5 project // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2018): The Eleventh International Conference. - 2018. - Novosibirsk. - ISBN: 978-5-91291-036-4.
17	60891	2017	Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. Prediction of start codons and mRNA translation efficiency using RiboSeq-based weight matrices // Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 2017): Moscow, 27-30.07.2017. - 2017. - Moscow: IITP RAS (Kharkevich Institute). - Art.52. - ISBN: 978-5-901158-30-2. - http://mccmb.belozersky.msu.ru/2017/proceedings/abstracts/52.pdf
18	61212	2017	Kondrakhin Y.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. Start codons and mrna translation efficiency prediction using riboseq-based weight matrices // Высокопроизводительное секвенирование в геномике: II Всероссийская конференция с международным участием. - 2017. - Vol.1: ООО "Парк-медиа". - P.25а-25а. - ISBN: 978-5-9902238-5-1.
19	60377	2017	Волкова О.А., Кондрахин Ю.В., Шарипов Р.Н. Сравнительный анализ особенностей организации нуклеотидных последовательностей МРНК и длинных некодирующих РНК // XVI Российская конференция «Распределенные информационно - вычислительные ресурсы. Наука – цифровой экономике» (DICR-2017): Труды XVI Всероссийской конференции (4-7 декабря 2017 г.). Новосибирск / Под ред. О.Л. Жижимова, А.М. Федотова. - 2017. - Новосибирск: ИВТ СО РАН. - С.286-293. - ISBN: 978-5-905569-10-4. - http://elib.ict.nsc.ru/jspui/bitstream/ICT/1467/40/paper36.pdf
20	57007	2016	Kondrakhin Y., Valeev T., Sharipov R., Yevshin I., Kolpakov F., Kel A. Prediction of protein-dna interactions of transcription factors linking proteomics and transcriptomics data // EuPA Open Proteomics. - 2016. - Vol.13. - P.14-23. - ISSN 2212-9685.

ФИЦ ИВТ

Информация о сотруднике

Кондрахин Юрий Васильевич

Идентификация во внешних системах

Публикации (31)

Проекты (6)

020 - Фундаментальные научные исследования (базовые темы)

040 - Российский научный фонд

040.010 - Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами

050 - Программы Президиума РАН

070 - Программы и проекты СО РАН

070.010 - Интеграционные проекты СО РАН

070.010.010 - Междисциплинарные интеграционные проекты

Конференции (13)

Автор доклада

Новости

Другие новости