| Инд. авторы: | Молородов Ю.И., Рюмкин С.И., Федотов А.М. |
| Заглавие: | Web-ресурс для мониторинга генетического разнообразия клещей и переносимых патогенов |
| Библ. ссылка: | Молородов Ю.И., Рюмкин С.И., Федотов А.М. Web-ресурс для мониторинга генетического разнообразия клещей и переносимых патогенов // Вестник Новосибирского государственного университета. Серия: Информационные технологии. - 2016. - Т.14. - № 2. - С.91-99. - ISSN 1818-7900. - EISSN 2410-0420. |
| Внешние системы: | РИНЦ: 27033607; |
| Реферат: | rus: Исследование генетического разнообразия клещевого энцефалита (КЭ) в образцах индивидуальных клещей I. persulcatus и I. pavlovskiy является одной из актуальных проблем современной молекулярной биологии и биоинформатики в наступившую после 2000 г. «пост-геномную эпоху». В основном это связано с полным секвенированием геномов в рамках масштабных международных программ. Подобное исследование предполагает объединение имеющихся компьютерных ресурсов и баз данных по молекулярной биологии. Важной задачей исследований в этом направлении являлась оценка молекулярно-генетического разнообразия бактерий Borrelia spp., циркулирующих на территории Сибири. Для последующего полногеномного секвенирования проводилось культивирование двух видов боррелий, выбирались генетические варианты, выявляемые на территории Северной Азии. Еще одной из задач является определение молекулярно-генетического разнообразия потенциально патогенных для человека микроорганизмов (вирус клещевого энцефалита, анаплазмы, эрлихии, бабезии и пр.). Эмпирические материалы полевых исследований, являются основой для оценки молекулярно-генетического разнообразия бактерий Borrelia spp., циркулирующих на территории Сибири. Для последующего полногеномного секвенирования было проведено культивирование двух индивидуальных клещей I. persulcatus и I. pavlovskiy и выбраны генетические варианты, часто выявляемые на территории Западной Сибири. На основе фактографического материала по сбору клещей в полевых экспедициях на территории Северной Азии и результатов полногеномного секвенирования, разработана архитектура и создан пилотный вариант интерактивной информационной системы (ИС), предназначенной для организации процессов сбора, хранения и обработки данных полевых работ, расселения и миграции клещей и переносимых ими патогенов. С ее помощью построена интерактивная карта с отображением мест полевых сборов и биотопа местности, включая разделы публикаций, просмотра численности клещей и численности клещей по полу. Реализована возможность просмотра встречаемости инфекций и генов. Создан блок анализа имеющихся данных. eng: A study of the genetic diversity of tick-borne encephalitis (TBE) in the samples of individual ticks I. persulcatus and I. pavlovskiy, is one of the urgent problems of modern molecular biology and bioinformatics to come after 2000, “the post-genomic era.” Basically, this is due to the complete sequencing of genomes as part of large-scale international programs. This study suggests combining existing computer resources and databases on molecular biology. An important task of research in this direction was to evaluate the molecular and genetic diversity of bacteria Borrelia spp. Circulating on the territory of Siberia. For further cultivation of the full genome sequencing was carried out two types of Borrelia, selected genetic variants often detected in Western Siberia. Another of the objectives is to determine the molecular genetic diversity of potentially pathogenic microorganisms to humans (tick-borne encephalitis virus, anaplasma, ehrlichia, babesia). Empirical field research are the basis for evaluation of molecular genetic diversity of bacteria Borrelia spp., Circulating on the territory of Siberia. For subsequent whole genome sequencing was conducted cultivation of the two individual ticks I. persulcatus and I. pavlovskiy and selected genetic variants often detected in Western Siberia. On the basis of factual material for the collection of mites in field expeditions on the territory of the Altai, Kazakhstan and Siberia, and the results of whole genome sequencing, developed the architecture and created a pilot version of an interactive information system (IS), intended for the organization of the collection, storage and processing of field work, resettlement and Migration ticks and they carry pathogens. With it built an interactive map displaying locations of field gathering and habitat areas, including sections of publications show the number of ticks and mites population by sex. The possibility of watching the occurrence of infections and genes. Created block analysis of existing data. |
| Ключевые слова: | интеграция данных; клещи; секвенирование; боррелиоз; информационные системы; интерактивность; encephalitis; Lyme disease; sequencing; mites; data integration; information systems; interactivity; энцефалит; |
| Издано: | 2016 |
| Физ. характеристика: | с.91-99 |
| Цитирование: | 1. Доклад на заседании президиума Сибирского отделения РАН директора Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН академика В. В. Власова и др. Новосибирск. 03.06.2015. 2. Ружников Г. М. и др. Современные технологии информационно-аналитической оценки // Бюл. СО РАМН. 2012. Т. 32, № 6. 57. С. 55-59. 3. Ливанова Н. Н., Боргояков В. Ю., Ливанов С. Г., Фоменко Н. В. Характеристика природных очагов клещевых боррелиозов Новосибирского научного центра и Новосибирской области // Сибирский медицинский журнал. 2012. Т. 111, № 4. С. 20-23. 4. Молородов Ю. И., Федотов А. М. Исследование динамики ареалов распространения клещей и переносимых ими бактериальных патогенов на территории азиатской части России // Междунар. конф. «Прикладной и геометрический анализ» (Самарканд, Узбекистан, 22-25 сентября 2014 г., Тез. докл. Новосибирск, 2014. С. 68. ISBN 978-5-7782-2494-0. 5. Мальцев В. Ю., Молородов Ю. И., Скачков Д. М. Технология извлечения информации об ареалах распространения видов бактериальных патогенов, переносимых иксодовыми клещами // XV Рос. конф. с междунар. участием «Распределенные информационно-вычислительные ресурсы». Новосибирск. 2-5 декабря 2014 г. URL: http://konf.ict.nsc.ru/dicr2014/reportview/249374 6. Tkachev S., Panov V., Dobler G., Tikunova N. First detection of Kemerovo virus in Ixodes pavlovskyi and Ixodes persulcatus ticks collected in Novosibirsk region, Russia // Ticks tick-borne dis. 2014. |
